เมื่อมุญาฮิดีนเข้ายึดกรุงคาบูลได้ ก็เกิดความขัดแย้งระหว่างกลุ่มต่าง ๆทำให้สงครามกลางเมืองยังคงดำเนินต่อไป มีการจัดตั้งสภาอิสลามญิฮาดเฉพาะกาล เริ่มแรกนำโดยซิบฆัตตุลลอฮ์ โมญัดเดดี เป็นเวลา 2 เดือน จากนั้นจึงนำโดย บูร์ฮานุดดีน รับบานี ผลจากการสู้รบในสงครามกลางเมืองและการที่เผ่าปาทานไม่มีอำนาจในคาบูล กลุ่มตาลีบันซึ่งเป็นขบวนการของนักศึกษาศาสนาและเคยเป็นมุญาฮิดีนมาก่อน จึงปรากฏตัวทางตอนใต้ของจังหวัดกันดะฮาร์ กลุ่มนี้ได้ขยายตัวจนครอบครองดินแดนได้ 95% ของประเทศในปี พ.ศ. 2543 ยกเว้นทางภาคตะวันออกเฉียงเหนือเพียงเล็กน้อยที่อยู่ภายใต้อิทธิพลของพันธมิตรฝ่ายเหนือ ซึ่งเป็นกลุ่มที่สหประชาชาติให้การรับรอง

ผลจากเหตุการณ์ 11 กันยายน พ.ศ. 2544 สหรัฐและพันธมิตรเข้ารุกรานอัฟกานิสถานและล้มล้างรัฐบาลตาลีบัน สหประชาชาติได้เชิญตัวแทนกลุ่มต่าง ๆ ในอัฟกานิสถานไปประชุมร่วมกันที่กรุงบอนน์ ประเทศเยอรมนี และคัดเลือกตัวแทนตั้งรัฐบาลชั่วคราว ภายใต้การนำของฮาร์มิด การ์ไซ ชาวปาทาน หลังจากนั้นอีก 6 เดือน กษัตริย์ ซาฮิร ชาห์ เรียกประชุมสภาชนเผ่าและรับรองให้การ์ไซเป็นประธานาธิบดีของอัฟกานิสถาน จนกระทั่งถึง พ.ศ. 2557 อัชราฟ ฆานี ได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีคนต่อไป